Památka se nachází v obci Svatý Jan pod Skalou.
Podle legendy se zde v jeskyni pod mohutnou sklaní stěnou v 9. století usadil křesťanský poustevník Ivan. Byl synem slovanského knížete Gostimila. Žil zde v samotě 42 let, živen mlékem z laně. Při zjevení dostal od sv. Jana Křtitele dřevěný křížek k vypuzení zlých duchů z jeskyně. Legenda dále vypráví o setkání Ivana s knížetem Bořivojem, který zde na lovu postřelil Ivanovu laň. Po Ivanově smrti zde nechal Bořivoj vybudovat kapličku.
První zmínka o jeskyni sv. Ivana pochází z r. 1205, kdy místo získal benediktýnský klášter v Ostrově a započalo se se stavbou. V roce 1310 zde bylo založeno probošství. V roce 1420 posloužil zdejší klášter mnichům z mateřského kláštera v Ostrově jako útočiště před husitskými vojsky. K definitivnímu přesídlení mnichů z Ostrova do Svajojánského kláštera došlo v roce 1517. Roku 1584 zde byly znovu nalezeny a vyzvednuty po staletí pečlivě ukrývané ostatky sv. Ivana. Od této chvíle zde započala tradice slavných svatojánských poutí. Během třicetileté války byl klášter poničen, v roce 1661 byl kostel opraven v raně barokním stylu. Byl vystavěn nový velký barokní kostel sv. Jana Křtitelem který dále přestavěl v roce 1711 Krištof Dienzenhofer. Dnešní stavební podoba kláštera je z roku 1731. Klášter by roku 1785 zrušen císařem Josefem II. V dalších obdobích se komplexu využívalo k průmyslové výrobě nebo k lázeňství. Od roku 1914 byl zde zřízen učitelský ústav. V roce 1949 zde komunistická vláda zřídila tábor nucených prací a věznici, později policejní školu pro výchovu přislušníků STB. V roce 1994 byl klášter navrácen církvi a byla zde zřízena Vyšší odborná pedagogická škola (www.svatojanskakolej.cz). Od 1.7.2018 je areál kláštera s kostelem, parkem a přilehlými plochami prohlášen za NÁRODNÍ KULTURNÍ PAMÁTKU.